次日，元显奏安帝下诏，罪状桓玄，安帝从之。以元显为总领大将军、征讨大都督，加黄钺；刘牢之为前锋，谯王尚之为后锋。张法顺言于元显曰：“桓谦兄弟每为上流耳目，而牢之反复，万一有变，则祸败立至，可令牢之杀谦兄弟以示无贰；若不受命，当逆，为其所败。”元显曰：“今非牢之无以敌玄，且始事而诛大将，人情不安。而且桓玄有遗惠于荆土，而谦其子，安可杀也？”言讫，奏安帝除谦荆州刺史，以结西人之心。却说桓玄令人探访虚实，闻知朝廷以元显握兵，遣牢之等以兵前来，心中大惊，欲完保江陵。忽一人挺身上言曰：“明公英威，震于远近，元显口尚乳臭，刘牢之大失物情，若以兵临近畿，示以祸福，土崩之势，可翘足而待！何有延敌入境，自取穷蹙者乎？”玄视之，其人乃长史卞范之。玄听其论，即从之。遂领大兵复行至江陵县，两军相遇，是时天晚，各自安营。
至次日，两下出兵相交。当时桓玄出兵交锋，牢之亦挺枪相战，两马相交，战上十合，不分输赢。两下鼓噪，又战约有五十余合，牢之见胜不得，自回本阵。玄恐其诈，亦不来赶。
由是两下各自鸣金收军屯扎，相拒月余。参军刘裕劝牢之急击之，牢之不许。
桓玄归营，谓众将曰：“牢之勇猛，急不能破。”卞范之又曰：“主公可使人去说，令其人来降，则大事成矣。”桓玄曰：“然！”于是使桓信奉手书来见牢之，说：“将军肯降，久后同享富贵，必不相忘。”
至夜，刘牢之谓子敬宣曰：“道子昏暗，元显淫凶，吾深虑平桓玄之后，政乱复始。不如因其招降请和，吾退往别地，假桓玄之手以杀二贼，吾然后乘隙，可以得志于天下。”敬宣曰：“儿恐桓玄威望既成，则难图之。”牢之曰：“取之如反手，但平后，宁杀骠骑何？”于是牢之反遣子敬宣诣玄营请和，刘裕与何无忌二人并固谏不从，由是刘裕退居广陵。
敬宣即行见桓玄，具说父令他来请和降之事。玄意犹豫，卞范之急点头言曰：“可从之，刘将军既令公子前来请和，必无诈意，明公何可推乎？”于是玄意遂决，排宴款待敬宣，许罢兵，约定旦日各自罢兵。至次日，送敬宣回营。宣去了，玄谓卞范之曰：“先生令言和，何年得定天下乎？”范之曰：“若不言和，刘牢之必奏朝廷，加兵严备，守住险要，吾等安能进兵？不如许之，暂其退兵，令其不备，然后以兵阴袭建康，必然克也。故兵法曰：‘就计以和，攻其无备。’”玄听说大悦。过几日，退兵三百余里，牢之闻玄兵退，还兵亦屯会稽去了。玄大喜，谓范之曰：“不出先生之所料耳。”于是停住数月，又领兵十万，来攻建康。
初，桓玄起兵发江陵，虑事不捷，常为西还计。及过浔阳，见无兵，甚喜。晋帝闻桓玄之兵复至，急下诏使齐王柔之，以驺虞幡止之，被玄所杀。玄至历阳，襄城太守司马休之，以羸兵与战，败走。谯王尚之众自溃，玄捕获之。时刘牢之亦素恶元显，以虑功高，不为所容，自恃材武，拥强兵欲假玄以除执政，复伺玄隙而自取之。先参军刘裕而请急击之，牢之不许，自去。玄闻知使牢之族舅和穆牢，牢之曰：“自古载震王之威，挟不赏之功，而能自全者谁耶？今战胜则倾宗，战败则覆族，不若翻然改图，则可以长保富贵矣！”牢之从之，遂与玄复相通。东海何无忌，牢之之外甥也，与刘裕共来极谏，不听。其子敬宜又谏，牢之怒曰：“吾岂不知今日收玄，如反复手掌乎？玄之今后奈我骠骑何？”遂使敬宣请玄会晤。玄阴欲诛牢之，乃与敬宣宴饮，陈各书画共观之，以安悦其意，敬宣不觉也。
元显将发兵出讨玄，闻玄已至新亭，元显弃船退军。二日复出，陈兵于宣阳门外，军中反言玄已至南桁。元显遂引兵欲还宫。玄乘势遣人拔刀随后追击，大呼：“有警！”当军人皆奔溃，元显走入东府，被玄遣从事收缚献之。元显曰：“为法顺所误耳！”
玄既克建康，欲杀晋帝，乃聚众谋士商议朝廷之事。卞范之进曰：“明公意在大位，臣以为不可，何也？盖方镇兵强而又民心附晋，岂可速也？昔 晋文 (《两晋秘史》人物)公纳周襄王，而诸侯竟从；魏武帝挟汉献帝，群臣归附。不如因此入朝奉王，以从人望，大顺也。重权公出，以服天下，大义也。不然，诸胡乘隙，方镇加兵，虽有 孙武 (《两晋秘史》人物)之策，未易守也！”玄犹豫。
次日，晋帝设朝，群臣山呼，奏知桓玄克建康及起兵京城之事。帝乃大惊，即与文武商议，如何可保全社稷，百姓无咎。
文武上言曰：“臣见桓玄好爵之人，陛下可高坐仪銮，出圣旨，命使宣他进来，封他重爵，彼必不就害陛下也，与战则恐不利。
”帝曰：“然！”于是即出圣旨，使人去宣桓玄。玄得旨，犹豫不决，当卞范之进前密曰：“明公威震中外，谁不惧之？引大兵在此屯驻，入朝何妨？不如从旨进观晋帝，帝必以重爵封明公。明公乘此机会，总百揆，握朝权，挟天子而令天下，指日定矣，何必更疑乎？”玄闻言大喜，即具朝服，随使入朝，至金殿之下，拜舞山呼万岁已毕。奏曰：“臣起兵者，为陛下有獐头鼠目之人，前后有狼心狗肺之徒，伤害朝纲，暴酷万民，是以起兵来诛谗佞，必不敢有萌害陛下之心。陛下可高枕无忧也！”帝闻奏大悦，赐玄平身。桓玄自为丞相，而总百揆。
玄既入京称诏戒严，自为丞相，总百揆，都督中外、录尚书事、扬州牧。复让丞相而为太尉，以兄弟桓伟为荆州刺史，桓修为徐、兖刺史，桓石生为江州刺史，卞范之为丹阳尹，王谧为中书令。徙会稽王道子于安成郡，斩元显、尚之、庚楷、张法顺十余人。以刘牢之为会稽内史。牢之惊曰：“如尔，便夺我兵，祸其至矣！”子敬宣劝牢之袭玄，牢之犹豫。告刘裕曰：“今当北就高雅之于广陵，举兵以匡社稷，卿能从我乎？”
裕曰：“将军以劲卒数万，望风降附，彼新得志威震天下，朝野人情，皆已去矣。广陵何得至耶？裕当反服，还京口耳。”
退谓无忌日：“吾观镇北，祸必不远。卿可随我还京口，玄若守臣节，当与卿事之；不然当与卿图之。”于是牢之大集僚佐，议据江左以讨玄。参军刘裕曰：“事之不可来，莫大于反，将军往年，反至兖州，近日反司马郎君，今复反桓玄，一人三反，何以自立？”语毕趋出，佐吏各散走。牢之惧擒，率部曲北走至新洲，自缢而死。
却说桓修镇丹徒，闻刘裕贤而有勇略，隐遁于京口，乃使人赍礼，召请为参军。使人得令，即去请刘裕，刘裕从请即来见桓修。桓修闻至大喜，降阶相迎，握手而笑，欢若平生，胜如旧识。以酒相待，饮至半酣，修起言曰：“闻君才名出众，智识超群，故命使请君为参军，君可同心协力，计划军机，以佐吾弟。太平之后，画地封君。”刘裕答曰：“裕蒙明公录用，安敢不效犬马之劳？但恐有辜下问也！君有驱驰，必不辞行！”
修又曰：“旦日吾亲自与君去见吾弟，命其奏帝，再加封赏。”言讫席散。
时刘裕来见故人孔靖曰：“桓玄篡形已见，吾欲从山阴起义讨之，卿意如何？”靖曰：“山阴路远，且玄未居极位，不如待其篡后，于京口起义讨之。”裕然之。
却说隆安以来，中外之人，厌于祸乱。及桓玄初至，黜奸佞，擢贤才，京师欣得，兼得少安。既而玄又奢豪纵逸，且政令无常，朋党互起，凌侮朝廷，裁损减其供奉之具，帝几不免饥寒，由是众心失望。