僭晋司马叡，字景文，晋将牛金子也。初晋宣帝生大将军、琅邪武王伷，伷生冗从仆射、琅邪恭王觐。觐妃谯国夏侯氏，字铜环，与金奸通，遂生叡，因冒姓司马，仍为觐子。由是自言河内温人。初为王世子，又袭爵，拜散骑常侍，频迁射声、越骑校尉，左、右军将军。从晋惠帝幸临漳，其叔繇为成都王颍所杀，叡惧祸，遂走至洛，迎其母俱归陈国。
东海王越收兵下邳，假叡辅国将军。越谋迎惠帝于长安，复假叡平东将军、监徐州诸军事，使镇下邳。寻加安东将军、都督扬州诸军事、假节，当镇寿阳，且留下邳。及越西迎惠帝，留叡镇后，平东府事。当迁镇江东，属陈敏作乱，叡以兵少因留下邳。永嘉元年春，敏死，秋，叡始到建业。五年，进镇东将军、开府仪同三司，又以会稽户二万增封，加督扬、江、湘、交、广五州诸军事。六月，王弥、刘曜寇洛阳，怀帝幸平阳，晋司空荀蕃、司隶校尉荀组推叡为盟主。于是辄改易郡县，假置名号。江州刺史华轶、北中郎将裴宪并不从之。宪自称镇东将军、都督江北五郡军事，与轶连和。叡遣左将军 王敦 (《魏书》人物)、将军甘卓、周访等击轶，斩之。宪奔于 石勒 (《魏书》人物)。六年，叡檄四方，称与穆帝俱讨刘渊，大会平阳。
建兴元年，晋愍帝以叡为侍中、左丞相、大都督、陕东诸军事，持节、王如故。叡改建业为建康。七月，叡以晋室将灭，潜有他志，乃自大赦，为大都督、都督中外诸军事，又为丞相。叡号令不行，政刑淫虐，杀督运令史淳于伯，行刑者以刀拭柱，血流上柱二丈三尺，仅头流下四尺五寸，其直如弦。时人怨之。
平文帝初，叡自称晋王，改元建武，立宗庙、社稷，置百官，立子绍为太子。叡以晋王而祀南郊。其年，叡僭即大位，改为大兴元年。其朝廷之仪，都邑之制，皆准模王者，拟议中国。遂都于丹阳，因 孙权 (《魏书》人物)之旧所，即禹贡扬州之地，去洛二千七百里。地多山水，阳为攸居，厥土惟涂泥，厥田惟下下，所谓“岛夷卉服”者也。《周礼》，职方氏掌天下之地，辨其邦国都鄙，四夷、八蛮、七闽、九貉、五戎、六狄之人民与其财用、九谷、六畜之数要，周知其利害。东南曰扬州，其山镇曰会稽，其薮泽曰具区，其川三江，其浸五湖，其利金锡竹箭，其民二男五女，其畜宜鸟兽，其谷宜稻。春秋时为吴越之地。吴越僭号称王，僻远一隅，不闻华士。楚申公巫臣窃妻以奔，教其军阵，然后乃知战伐。由是晚与中国交通。俗气轻急，不识礼教，盛饰子女以招游客，此其土风也。战国时则并于楚。故地远恃险，世乱则先叛，世治则后服。秦末， 项羽 (《魏书》人物)起江南，故衡山王吴芮从百越之兵，越王无诸身率闽中之众以从，灭秦。汉初，封芮为长沙王，无诸为闽越王，又封吴王濞于朱方。逆乱相寻，亟见夷灭。汉末大乱，孙权遂与刘备分据吴蜀。权阻长江，殆天地所以限内外也。叡因扰乱，跨而有之。中原冠带呼江东之人，皆为貉子，若狐貉类云。巴、蜀、蛮、獠、溪、俚、楚、越，鸟声禽呼，言语不同，猴蛇鱼鳖，嗜欲皆异。江山辽阔将数千里，叡羁縻而已，未能制服其民。有水田，少陆种，以罟网为业。机巧趋利，恩义寡薄。家无藏蓄，常守饥寒，地既暑湿，多有肿泄之病，障气毒雾，射工、沙虱、蛇虺之害，无所不有。叡割有扬、荆、梁三州之土，因其故地，分置十数州及诸郡县，郡县户口至有不满百者。
遣使韩暢浮海来请通和。平文皇帝以其僭立江表，拒不纳之。
是时叡大将军王敦宗族擅势，权重于叡，迭为上下，了无君臣之分。叡侍中刘隗言于叡曰：“王氏强大，宜渐抑损。”敦闻而恶之。惠帝时，叡改年曰永昌。昌敦先镇武昌，乃表于叡曰：“刘隗前在门下，遂秉权宠。今辄进军，指讨奸孽，宜速斩隗首，以谢远近。朝枭隗首，诸军夕退。昔太甲不能遵明汤典，颠覆厥度，幸纳 伊尹 (《魏书》人物)之训，殷道复昌，颇智故有先失后得者矣。”敦又移告州郡，以沈充为大都督，护东吴诸军。叡乃下书曰：“王孰恃宠，敢肆狂逆，方朕于太甲，欲见囚于桐宫。是可忍也，孰不可忍也！今当亲帅六军，以诛大逆。”叡光禄勋王含率其子瑜以轻舟弃叡，归于武昌。叡以其司空王导为前锋大都督，尚书陆晔为军司；以广州刺史陶侃为江州，梁州刺史甘卓为荆州，使其率众掎蹑敦后；以太子右率周莚率中军三千人讨沈充。敦至洌州，表尚书令刁协党附，宜加诛戮。叡遣右将军周札戍于石头，札潜与敦书，许军至为应。敦使司马杨朗等入于石头，札见敦。朗等既据石头，叡征西将军戴渊、镇北将军刘隗率众攻之，戴渊亲率士，鼓众陵城。俄而鼓止息，朗等乘之，叡军败绩。隗、协入见叡，叡遣其避祸，二人泣而出。隗还淮阴，后奔石勒。协奔江乘，为敦追兵所害。叡师败。
敦自为丞相，武昌郡公，邑万户，朝事大小皆关谘之。敦收戴渊及叡尚书左仆射周顗，并斩于石头，皆叡朝之望也。于是改易百官及诸州镇，其余转徙黜免者过百数，或朝行暮改，或百日半年。敦所宠沈充、钱凤等所言必用，所谮必死。敦将还武昌，其长史谢鲲曰：“公不朝，惧天下私议。”敦曰：“君能保无变乎？”对曰：“鲲近入觐，主上侧席待公，迟得相见，宫省穆然，必然不虞之虑。公若入朝，鲲请侍从。”敦曰：“正复杀君等数百，何损朝廷！”遂不朝而去。敦召安南将军甘卓，转谯王承为军司，并不从。敦遣从母弟南蛮校尉魏乂率江夏太守李恆攻承于临湘，旬日城陷，执承送于武昌。敦从弟王廙使贼迎之，害于车中。先是，王敦表疏，言旨不逊，叡以示承曰：“敦言如此，岂有厌哉？”对曰：“陛下不早裁之，难将作矣。”敦恶之。襄阳太守周虑袭杀甘卓。
叡畏迫于敦，居常忧戚，发病而死。子绍僭立，改年日太宁。
王敦将纂，讽绍征己。乃为书曰：“孤子绍顿首。天下事大，绍以眇身，弗克负荷，哀忧孔疚，如临于谷，实赖冢宰，以济艰难。公迈德树勋，遐迩归怀，任社稷之托，居总己之统，然道里长远，江川阻深，动有介石之机，而回旋之间，固以有所丧矣。谓公宜入辅朝政，得旦夕詶谘，朝士亦佥以为然。以公高亮忠肃，至心忧国，苟其宜然，便当以至公处之，期于静国宁民，要之括囊无咎。伏想暗同此志，愿便速克近期，以副尧企之怀。”绍恭惮于敦若此。复使兼太常应詹拜敦承相、武昌郡公，奏事不名，入朝不趋，剑履上殿。敦于是屯于芜湖。敦乃转王导为司徒，自领扬州刺史，以兄含子应为武卫将军，以自副贰。敦无子，养应为后。敦疾逾年，故召含还，欲属以后事。是时敦令绍宿卫之兵三番休二。绍密欲袭敦，微行察敦营垒。及敦疾，绍屡遣大臣讯问起居，迁含骠骑大将军、仪同三司。
敦疾甚，绍召其司徒王导、中书监庚亮、丹阳尹温峤、尚书卞壶密谋讨之。导、峤及右将军卞敦共据石头，光禄勋应詹都督朱雀桁南诸军事，尚书令郗鉴都督从驾诸军事，绍出次于中堂。敦闻兵起，怒，欲自将，困不能坐。召其党钱凤、邓岳、周抚等率众三万指造建业。含谓敦曰：“北事吾便当行。”于是以含为元帅。凤等问敦曰：“事克之日，天子云何？”敦曰：“尚未南郊，何为天子！便尽卿兵势，唯保护东海王及裴妃而已。”初，绍谓敦已死，故敢发兵。及下诏数日，敦犹能与王导书，后自手笔曰：“太真别来几日，作如此事！”太真，温峤字也，绍朝见之，咸共骇惧。含等兵至，温峤辄烧朱雀桁以挫其锋。绍使中军司马曹浑、左卫参军陈嵩、段匹磾弟秃率壮士千人逆含等，战于江宁，斩其前锋将何康，杀数百人。敦闻康死，军不获济，怒曰：“我兄老婢耳！门户衰微，群从中才兼文武者皆早死，今年事去矣。”语参军吕宝曰：“我当力行。”因作势而起，困乏，乃复卧。使术士郭璞筮之，卦成，对曰：“不能佳。”敦既疑璞劝亮、峤等举事，又闻卦恶，于是杀璞。
敦疾转困，语其舅羊鉴及子应曰：“我亡后，应便即位，先立朝廷百官，然后营葬。”初敦败叡之后，梦白犬自天而下，噬之。及疾甚，见刁协、甘卓为崇，遂死。王应秘不发丧，裹尸以席，埋于斋中，与其将诸葛瑶等纵酒淫逸。沈充将万余人来会含等。充临行，顾谓其妻曰：“男兒不建豹尾，不能归也。”绍平西将军祖约率众至于淮南，逐敦所置淮南太守任台。绍将刘遐、苏峻济自满洲，含相率渡兵，应詹逆击，大破之。周抚斩钱凤，沈充将吴儒斩充。绍遣御史刘彝发敦瘗，斩尸，枭首朱雀桁。
绍死，子衍僭立，号年曰咸和。
衍历阳太守苏峻不顺于衍，衍护军庾亮曰：“苏峻豺狼，终为祸乱，晁错所谓削之亦反，不削亦反，削之反速而祸小，不削反迟而祸大。”乃以大司农征之，令峻弟逸领峻部曲。征书至，峻怒曰：“庚亮专擅，欲诱杀我也。”阜陵令匡术、乐安人任让并为峻谋主，劝峻诛亮。乃使使推崇祖约，共讨亮，约大喜。于是约命兄逖子沛国内使涣、女婿淮南太守许柳将兵会峻。峻使其党韩光，光名犯恭宗庙讳，入姑熟，杀于湖令陶馥，残掠而还。衍假庾亮节为征讨都督，使其右卫将军赵胤、右将军司马流率众次于慈湖。韩光晨袭流，杀之。衍以其骁骑将军钟雅为前锋监军，假节，率舟军拒峻。宣城内史桓彝统吏士次于芜湖，韩光败之，大掠宣城诸县而还。江州刺史温峤使督护王愆期、西阳太守邓岱、鄱阳太守纪睦等以舟军赴于建业。衍期，岱次直渎，峻督众二万济自横江，登牛渚山。愆期等邀击不制。峻至于蒋山，衍假领军卞壶节，率诸将陈兵。衍之将怯兵弱，为峻所败，卞壶及其二子、丹阳尹羊曼、黄门侍郎周导、庐江太守陶瞻、散骑侍郎任台等皆死，死者三千余人。庾亮兵败，与三弟奔于柴桑。峻遂焚衍宫，君贼突掠，百僚奔散，唯有米数石而已，无以自供。峻逼衍大赦，庾亮兄弟不在赦限。峻以祖约为太尉、尚书令，加侍中，自为骠骑将军、领军将军、录尚书事。于是建业荒毁，奔投吴会者十八九。
温峤闻之，移告征镇州郡。庾亮至盆口，峤分兵配给。又招衍荆州刺史陶侃欲共讨峻。侃不从，曰：“吾疆场外将，本非顾命大臣，今日之事，所不敢当。”时侃子为峻所害，峻复喻侃曰：“苏峻遂得志，四海虽广，公宁有容足地乎？贤子越骑酷没，天下为公痛心，况慈父之情哉！”侃乃许之。
苏峻屯于于湖。衍母庾氏忧怖而死。苏峻闻兵起，自姑孰还建业，屯于石头。使其党张瑾、管商率众拒诸军，逼迁衍于石头”衍哀泣升车，宫人尽哭，随从衍者，莫不流涕。峻以仓屋为宫，使乡人许方为司马，督将兵守卫。陶侃、庚亮、温峤率舟军二万至于石头，俄引还，次于蔡洲沙门浦。庾亮守白石垒，诘朝，峻将万余人攻之。亮等逆击，峻退。吴国内史庾冰率三吴之众骤战，不胜。瑾、商等破庾冰前军于无锡，焚掠肆意。韩光攻宣城内史桓彝，彝率吏民力战不胜，为光所杀。祖约为颍川人陈光率其属攻之，约乃奔于历阳。长乐人贾宁劝峻杀王导，尽诛诸大臣，峻不从，乃改计叛峻。王导使袁耽潜诱纳之，谋奉衍出奔温峤。
峤食尽，贷于陶侃。侃怒曰：“使君前云不忧无士众及粮食也，唯欲得老民为主耳。今比战皆北，良将安在？今若无食，民便欲西归。”先是峤虑侃不赴，故以甘言招侃。峤乃卑辞谢之，且曰：“今者，骑虎之势可得下乎？贼垂灭，愿公留思。”侃怒少止。其将李阳说曰：“今事若不捷，虽有粟，焉得而食之。公宜割见储，以卒大事。”乃以米五万石供军。
祖涣袭湓口，欲以沮温峤之兵。涣过皖，攻谯国内史桓云，不克，乃还。苏峻并兵攻大业，大业水竭，皆饮粪汁。诸将谋救之，虑不能当，且欲水陆攻峻。陶侃以舟师攻石头，温峤、庾亮陈于白石。峻子硕以数十骑出战，峻见硕骑，乃舍其众，自以四马北下突陈，陈坚乃还。军士彭世、李千投之以矛，峻坠马，遂枭首，脔割之，焚其骸骨。任让及诸贼帅复立峻弟逸，救峻尸弗获，乃发衍父母冢，剖棺焚尸。匡术率其徒据苑城以降，韩光、苏硕等率众攻苑，苑中饥，谷石四万。诸将攻石头。苏硕及章武王世子休率劲贼孔卢、张偏等数十人击李阳于