简文皇帝讳昱，字道万，元帝之少子也。幼而岐嶷，为元帝所爱。郭璞见而谓人曰：“兴晋祚者，必此人也。”及长，清虚寡欲，尤善玄言。永昌元年，元帝诏曰：“先公武王、先考恭王君临琅邪。继世相承，国嗣未立，蒸尝靡主，朕常悼心。子昱仁明有智度，可以虔奉宗庙，以慰罔极之恩。其封昱为琅邪王，食会稽、宣城如旧。”咸和元年，所生郑夫人薨。帝时年七岁，号慕泣血，固请服重。成帝哀而许之，故徙封会稽王，拜散骑常侍。九年，迁右将军，加侍中。咸康六年，进抚军将军，领秘书监。建元元年夏五月癸丑，康帝诏曰：“太常职奉天地，兼掌宗庙，其为任也，可谓重矣。是以古今选建，未尝不妙简时望，兼之儒雅。会稽王叔履尚清虚，志道无倦，优游上列，讽议朝肆。其领太常本官如故。”永和元年，崇德太后临朝，进位抚军大将军、录尚书六条事。二年，骠骑何充卒，崇德太后诏帝专总万机。八年，进位司徒，固让不拜。穆帝始冠，帝稽首归政，不许。废帝即位，以琅邪王绝嗣，复徙封琅邪，而封王子昌明为会稽王。帝固让，故虽封琅邪而不去会稽之号。太和元年，进位丞相、录尚书事，入朝不趋，赞拜不名，剑履上殿，给羽葆鼓吹班剑六十人，又固让。及废帝废，皇太后诏曰：“丞相、录尚书、会稽王体自中宗，明德劭令，英秀玄虚，神栖事外。以具瞻允塞，故阿衡三世。道化宣流，人望攸归，为日已久。宜从天人之心，以统皇极。主者明依旧典，以时施行。”于是大司马桓温率百官进太极前殿，具乘舆法驾，奉迎帝于会稽邸，于朝堂变服，著平巾帻单衣，东向拜受玺绶。

咸安元年冬十一月己酉，即皇帝位。桓温出次中堂，令兵屯卫。乙卯，温奏废太宰、武陵王晞及子总。诏魏郡太守毛安之帅所领宿卫殿内，改元为咸安。庚戌，使兼太尉周颐告于太庙。辛亥，桓温遣弟秘逼新蔡王晃诣西堂，自列与太宰、武陵王晞等谋反。帝对之流涕，温皆收付廷尉。癸丑，杀东海二子及其母。初，帝以冲虚简贵，历宰三世，温素所敬惮。及初即位，温乃撰辞欲自陈述，帝引见，对之悲泣，温惧不能言。至是，有司承其旨，奏诛武陵王晞，帝不许。温固执至于再三，帝手诏报曰：“若晋祚灵长，公便宜奉行前诏。如其大运去矣，请避贤路。”温览之，流汗变色，不复敢言。乙卯，废晞及其三子，徙于新安。丙辰，放新葵王晁于衡阳。戊午，诏曰：“王室多故，穆哀早世，皇胤夙迁，神器无主。东海王以母弟近属，入纂大统，嗣位经年，昏暗乱常，人伦亏丧，大祸将及，则我祖宗之灵靡知所托。皇太后深惧皇基，时定大计。大司马因顺天人，协同神略，亲帅群后，恭承明命。云雾既除，皇极载清，乃顾朕躬，仰承弘绪。虽  伊尹  (《晋书》人物)之宁殷朝，博陆之安汉室，无以尚也。朕以寡德，猥居元首，实惧眇然，不克负荷，战战兢兢，罔知攸济。思与兆庶更始，其大赦天下，大酺五日，增文武位二等，孝顺忠贞鳏寡孤独米人五斛。”己未，赐温军三万人，人布一匹，米一斛。庚申，加大司马桓温为丞相，不受。辛酉，温旋自白石，因镇姑孰。以冠军将军毛武生都督荆州之沔中、扬州之义城诸军事。十二月戊子，诏以京都有经年之储，权停一年之运。庚寅，废东海王奕为海西公，食邑四千户。辛卯，初荐酃渌酒于太庙。
二年春正月辛丑，百济、林邑王各遣使贡方物。二月，苻坚伐慕容桓于辽东，灭之。三月丁酉，诏曰：“朕居阿衡三世，不能济彼时雍，乃至海西失德，殆倾皇祚。赖祖宗灵祗之德，皇太后淑体应期，籓辅忠贤，百官戮力，用能荡气务于昊苍，耀晨辉于宇宙。遂以眇身，托于王公之上，思赖群贤，以弼其阙。夫敦本息末，抑绝华竞，使清浊异流，能否殊贯，官无秕政，士无谤讟，不有惩劝，则德礼焉施？且强寇未殄，劳役未息，自非军国戎祀之耍，其华饰烦费之用皆省之。夫肥遁穷谷之贤，滑泥扬波之士，虽抗志玄霄，潜默幽岫，贪屈高尚之道，以隆协赞之美，孰与自足山水，栖迟丘壑，徇匹夫之洁，而忘兼济之大邪？古人不借贤于曩代，朕所以虚想于今日。内外百官，各勤所司，使善无不达，恶无不闻，令诗人元素餐之刺，而吾获虚心之求焉。”癸丑，诏曰：“吾承祖宗洪基，而昧于政道，惧不能允厘天工，克隆先业，夕惕惟忧，若涉泉冰。赖宰辅忠德，道济伊望，群后竭诚，协契断金，内外尽匡翼之规，文武致匪躬之节，冀因斯道，终克弘济。每念干戈未戢，公私疲悴，籓镇有疆理之务，征戍怀东山之勤，或白首戎阵，忠劳未叙，或行役弥久，担石靡储，何尝不昧旦晨兴，夜分忘寝。虽未能抚而巡之，且欲达其此心。可遣大使诣大司马，并问方伯，逮于边戍，宣诏大飨，求其所安。又筹量赐给，悉令周普。”乙卯，诏曰：“往事故之后，百度未充，群僚常俸，并皆寡约，盖随时之义也。然退食在朝，而禄不代耕，非经通之制。今资储渐丰，可筹量增俸。”驺虞见豫章。夏四月，徙海西公于吴县西柴里。追贬庾后曰夫人。六月，遣使拜百济王余句为镇东将军，领乐浪太守。戊子，前护军将军庚希举兵反，自海陵入京口，晋陵太守卞眈奔于曲阿。秋七月壬辰，桓温遣东海内史周少孙讨希，擒之，斩于建康市。己未，立会稽王昌明为皇太子，皇子道子为琅邪王，领会稽内史。是日，帝崩于东堂，时年五十三。葬高平陵，庙号太宗。遗诏以桓温辅政，依  诸葛亮  (《晋书》人物)、王导故事。

帝少有风仪，善容止，留心典籍，不以居处为意，凝尘满席，湛如也。尝与桓温及武陵王晞同载游版桥，温遽令鸣鼓吹角，车驰卒奔，欲观其所为。晞大恐，求下车，而帝安然无惧色，温由此惮服。温既仗文武之任，屡建大功，加以废立，威振内外。帝虽处尊位，拱默守道而已，常惧废黜。先是，荧惑入太微，寻而海西废。及帝登阼，荧惑又入太微，帝甚恶焉。时中书郎郗超在直，帝乃引入，谓曰：“命之修短，本所不计，故当无复近日事邪！”超曰：“大司马臣温方内固社稷，外恢经略，非常之事，臣以百口保之。”及超请急省其父，帝谓之曰：“致意尊公，家国之事，遂至于此！由吾不能以道匡卫，愧叹之深，言何能喻。”因咏庾阐诗云“志士痛朝危，忠臣哀主辱”，遂泣下沾襟。帝虽神识恬暢，而无济世大略，故  谢安  (《晋书》人物)称为惠帝之流，清谈差胜耳。沙门支道林尝言“会岙有远体而无远神”。谢灵运迹其行事，亦以为赧献之辈云。

孝武皇帝讳曜，字昌明，简文帝第三子也。兴宁三年七月甲申，初封会稽王。咸安二年秋七月己未，立为皇太子。是日，简文帝崩，太子即皇帝位。诏曰：“朕以不造，奄丁闵凶，号天扣地。靡知所诉。藐然幼冲，眇若缀旒，深惟社稷之重，大惧不克负荷。仰凭祖宗之灵，积德之祀。先帝淳风玄化，遗咏在民。宰辅英贤，勋隆德盛。顾命之托，实赖匡训。群后率职，百僚勤政。冀孤弱之躬有寄，皇极之基不坠。先恩遗惠，播于四海，思弘余润，以康黎庶。其大赦天下，与民更始。”九月甲寅，追尊皇妣会稽王妃曰顺皇后。冬十月丁卯，葬简文皇帝于高平陵。十一月甲午，妖贼卢悚晨人殿庭，游击将军毛安之等讨擒之。是岁，三吴大旱，人多饿死，诏所在振给。苻坚陷仇池，执秦州刺史杨世。
宁康元年春正月己丑朔，改元。二月，大司马桓温来朝。三月癸丑，诏除丹阳竹格等四桁税。夏五月，旱。秋七月己亥，使持节、侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书、大司马、扬州牧、平北将军、徐兗二州刺史、南郡公桓温薨。庚戌，进右将军桓豁为征西将军。以江州刺史桓冲为中军将军、都督扬豫江三州诸军事、扬州刺史，镇姑孰。八月壬子，崇德太后临朝摄政。九月，苻坚将杨安寇成都。丙申，以尚书仆射王彪之为尚书令，吏部尚书谢安为尚书仆射，吴国内史刁彝为北中郎将、徐兗二州刺史，镇广陵。复置光禄勋、大司农、少府官。冬十月，西平公张天锡贡方物。十一月，苻坚将杨安陷梓潼及梁、益二州，刺史周仲孙帅骑五千南遁。

二年春正月癸未朔，大赦。追封谥故会稽世子郁为临川献王。己酉，北中郎将、徐兗二州刺史刁彝卒。二月癸丑，以丹阳尹王坦之为北中郎将、徐兗二州刺史。丁巳，有星孛于女虚。三月丙戌，彗星见于氐。夏四月壬戌，皇太后诏曰：“顷玄象忒愆，上天表异，仰观斯变，震惧于怀。夫因变致休，自古之道，朕敢不克意复心，以思厥中？又三吴奥壤，股肱望郡，而水旱并臻，百姓失业，夙夜惟忧，不能忘怀，宜时拯恤，救其雕困。三吴义兴、晋陵及会稽遭水之县尤甚者，全除一年租布，其次听除半年，受振贷者即以赐之。”五月，蜀人张育自号蜀王，帅众围成都，遣使称籓。秋七月，凉州地震，山崩。苻坚将邓羌攻张育，灭之。八月，以长秋将建，权停婚姻。九月丁丑，有星孛于天市。冬十一月己酉，天门蜑贼攻郡，太守王匪死之，征西将军桓豁遣师讨平之。长城人钱步射、钱弘等作乱，吴兴太守硃序讨平之。癸酉，镇远将军桓石虔破苻坚将姚苌于垫江。

三年春正月辛亥，大赦。夏五月丙午，北中郎将、徐兗二州刺史、蓝田侯王坦之卒。甲寅，以中军将军、扬州刺史桓冲为镇北将军、徐州刺史，镇丹徒，尚书仆射谢安领扬州刺史。秋八月癸巳，立皇后王氏，大赦，加文武位一等。九月，帝讲《孝经》。冬十月癸酉朔，日有蚀之。十二月癸未，神兽门灾。甲申，皇太后诏曰：“顷日蚀告变，水旱不适，虽克己思救，未尽其方。其赐百姓穷者米，人五斛。”癸巳，帝释奠于中堂，祠  孔子  (《晋书》人物)，以颜回配。

太元元年春正月壬寅朔，帝加元服，见于太庙。皇太后归政。甲辰，大赦，改元。丙午，帝始临朝。以征西将军桓豁为征西大将军，领军将军郗愔为镇军大将军，中军将军桓冲为车骑将军，加尚书仆射谢安中书监、录尚书事。甲子，谒建平等四陵。夏五月癸丑，地震。甲寅，诏曰：“顷者上天垂监，谴告屡彰，朕有惧焉，震惕于心。思所以议狱缓死，赦过宥罪，庶因大变，与之更始。”于是大赦，增文武位各一等。六月，封河间王钦子范之为章武王。秋七月，苻坚将苟苌陷凉州，虏刺史张天锡，尽有其地。乙巳，除度田收租之制，公王以下口税米三斛，蠲在役之身。冬十月，移准北流人于淮南。十一月己巳朔，日有蚀之。诏太官撤膳。十二月，苻坚使其将苻洛攻代，执代王涉翼犍。
二年春正月，继绝世，绍功臣。三月，以兗州刺史硃序为南中郎将、梁州刺史、监沔中诸军，镇襄阳。闰月壬午，地震。甲申，暴风，折木发屋。夏四月己酉，雨雹。五月丁丑，地震。六月己巳，暴风，扬沙石。林邑贡方物。秋七月乙卯，老人星见。八月壬辰，四骑将军桓冲来朝。丁未，以尚书仆射谢安为司徒。丙辰，使持节、都督荆梁宁益交广六州诸军事、荆州刺史、征西大将军桓豁卒。冬十月辛丑，以车骑将军桓冲都督荆江梁益宁交广七州诸军事、领护南蛮校尉、荆州刺史，尚书王蕴为徐州刺史、督江南晋陵诸军，征西司马  谢玄  (《晋书》人物)为兗州刺史、广陵相、监江北诸军。壬寅。散骑常侍、左光禄大夫、尚书令王彪之卒。十二月庚寅，以尚书王劭为尚书仆射。
三年春二月乙巳，作新宫，帝移居会稽王邸。三月乙丑，雷雨，暴风，发屋折木。夏五月庚午，陈留王曹恢薨。六月，大水。秋七月辛巳，帝入新宫。乙酉，老人星见南方。

四年春正月辛酉，大赦，郡县遭水旱者减租税。丙子，谒建平等七陵。二月戊午，苻坚使其子丕攻陷襄阳，执南中郎将硃序。又陷顺阳。三月，大疫。壬戌，诏曰：“狡寇纵逸，籓守倾没，疆埸之虞，事兼平日。其内外众官，各悉心戮力，以康庶事。又年谷不登，百姓多匮。其诏御所供，事从俭约，九亲供给，众官廪俸，权可减半。凡诸役费，自非军国事要，皆宜停省，以周时务。”癸未，使右将军毛武生帅师伐蜀。夏四月，苻坚将韦钟陷魏兴，太守吉挹死之。五月，苻坚将句难、彭超陷盱眙、高密内史毛璪之为贼所执。六月，大旱。戊子，征虏将军谢玄及超、难战于君川，大破之。秋八月丁亥，以左将军王蕴为尚书仆射。乙未，暴风，扬沙石。九月，盗杀安太守傅湛。冬十二月己酉朔，日有蚀之。

五年春正月乙巳，谒崇平陵。夏四月，大旱。癸酉，大赦五岁刑以下。五月，大水。以司徒谢安为卫将军、仪同三司。六月甲寅，震含章殿四柱，并杀内侍二人。甲子，以比岁荒俭，大赦，自太元三年以前逋租宿债皆蠲除之，其鳏寡穷独孤老不能自存者，人赐米五斛。丁卯，以骠骑将军、琅邪王道子为司徒。秋九月癸未，皇后王氏崩。冬十月，九真太守李逊据交州反。十一月乙酉，葬定皇后于隆平陵。
六年春正月，帝初奉佛法，立精舍于殿内，引诸沙门以居之。丁酉，以尚书  谢石  (《晋书》人物)为尚书仆射。初置督运御史官。夏六月庚子朔，日有蚀之。扬、荆、江三州大水。己巳，改制度，减烦费，损吏士员七百人。秋七月丙子，赦五岁刑已下。甲午，交址太守杜瑗斩李逊，交州平。大饥。冬十一月己亥，以镇军大将军郗愔为司空。会稽人檀元之反，自号安东将军，镇军参军谢蔼之讨平之。十二月甲辰，苻坚遣其襄阳太守阎震寇竟陵，襄阳太守桓石虔讨擒之。

七年春三月，林邑范熊遣使献方物。秋八月癸卯，大赦。九月，东夷五国遣使来贡方物。苻坚将都贵焚烧沔北田谷，略襄阳百姓而去。冬十月丙子，雷。

八年春二月癸未，黄雾四塞。三月，始兴、南康、庐陵大水，平地五丈。丁巳，大赦。夏五月，辅国将军杨亮伐蜀，拔五城，擒苻坚将魏光。秋七月，鹰扬将军郭洽及苻坚将张崇战于武当，大败之。八月，苻坚帅众渡淮，遣征讨都督谢石、冠军将军谢玄、辅国将军谢琰、西中郎将桓伊等距之。九月，诏司徒、琅邪王道子录尚书六条事。冬十月，苻坚弟融陷寿春。乙亥，诸将及苻坚战于肥水，大破之，俘斩数万计，获坚舆辇及云母车。十一月庚申，诏卫将军谢安劳旋师于金城。壬子，立陈留王世子灵诞为陈留王。十二月庚午，以寇难初平，大赦。以中军将军谢石为尚书令。开酒禁。始增百姓税米，口五石。前句町王翟辽背苻坚，举兵于河南，慕容垂自鄴与辽合，遂攻坚子晖于洛阳。仇池公杨世奔还陇右，遣使称籓。
九年春正月庚子，封武陵王孙宝为临川王。戊午，立新宁王晞子遵为新宁王。辛亥，谒建平等四陵。龙骧将军刘牢之克谯城。车骑将军桓冲部将郭宝伐新城、魏兴、上庸三郡，降之。二月辛巳，使持节、都督荆江梁宁益交广七州诸军事、车骑将军、荆州刺史桓冲卒。慕容垂自洛阳与翟辽攻苻坚子丕于鄴。三月，以卫将军谢安为太保。苻坚北地长史慕容泓、平阳太守慕容冲并起兵背坚。夏四月己卯，增置太学生百人。封张天锡为西平公。使竟陵太守赵统伐襄阳，克之。苻坚将姚苌背坚，起兵于北地，自立为王，国号秦。六月癸丑朔，崇德皇太后褚氏崩。慕容泓为其叔父冲所杀，冲自称皇太弟。秋七月戊戌，遣兼司空、高密王纯之修谒洛阳五陵。己酉，葬康献皇后于崇平陵。百济遣使来贡方物。苻坚及慕容冲战于郑西，坚师败绩。八月戊寅，司空郗愔薨。九月辛卯，前锋都督谢玄攻苻坚将兗州刺史张崇于鄄城，克之。甲午，加太保谢安大都督扬、江、荆、司、豫、徐、兗、青、冀、幽、并、梁、益、雍、凉十五州诸军事。冬十月辛亥朔，日有蚀之。丁巳，河间王昙之薨。乙丑，以玄象乖度，大赦。庚午，立前新蔡王晃弟崇为新蔡王。苻坚青州刺史苻朗帅众来降。十二月，苻坚将吕光称制于河右，自号酒泉公。慕容冲僭即皇帝位于阿房。

十年春正月甲午，谒诸陵。二月，立国学。蜀郡太守任权斩苻坚益州刺史李平，益州平。三月，荥阳人郑燮以郡来降。苻坚国乱，使使奉表请迎。龙骧将军刘牢之及慕容垂战于黎阳，王师败绩。夏四月丙辰，刘牢之与沛郡太守周次及垂战于五桥泽，王师又败绩。壬戌，太保谢安帅众救苻坚。五月，大水。苻坚留太子宏守长安，奔于五将山。六月，宏来降，慕容冲入长安。秋七月，苻丕自枋头西走，龙骧将军檀玄追之，为丕所败。旱，饥。丁巳，老人星见。八月甲午，大赦。丁酉，使持节、侍中、中书监、大都督十五州诸军事、卫将军、太保谢安薨。庚子，以琅邪王道子为都督中外诸军事。是月，姚苌杀苻坚而僭即皇帝位。九月，吕光据姑臧，自称凉州刺史。苻丕僭即皇帝位于晋阳。冬十月丁亥，论淮肥之功，追封谢安庐陵郡公，封谢石南康公，谢玄康乐公，谢琰望蔡公，桓伊永修公，自余封拜各有差。是岁，乞伏国仁自称大单于、秦河二州牧。
十一年春正月辛未，慕容垂僭即皇帝位于中山。壬午，翟辽袭黎阳，执太守滕恬之。乙酉。谒诸陵。慕容冲将许木末杀慕容冲于长安。三月，大赦。太山太守张愿以郡叛，降于翟辽。夏四月，以百济王世子余晖为使持节、都督、镇东将军、百济王。代王拓拔圭始改称魏。癸巳，以尚书仆射陆纳为尚书左仆射，谯王恬为尚书右仆射。六月己卯，地震。庚寅，以前辅国将军杨亮为西戎校尉、雍州刺史，镇卫山陵。秋八月庚午，封孔靖之为奉圣亭侯，奉宣尼祀。丁亥，安平王邃之薨。翟辽寇谯，龙骧将军硃序击走之。冬十月，慕容垂破苻丕于河东，丕走东垣，扬威将军冯该击斩之，传首京都。甲申，海西公奕薨。十一月，苻丕将苻登僭即皇帝位于陇东。

十二年春正月乙巳，以豫州刺史硃序为青、兗二州刺史，镇淮阴。丁未，大赦。壬子，暴风，发屋折木。戊午，慕容垂寇河东，济北太守温详奔彭城。翟辽遣子钊寇陈、颍，硃序击走之。夏四月戊辰，尊夫人李氏为皇太妃。己丑，雨雹。高平人翟暢执太守徐含远，以郡降于翟辽。六月癸卯，束帛聘处士戴逵、袭玄之。秋八月辛巳，立皇子德宗为皇太子，大赦，增文武位二等，大酺五日，赐百官布帛各有差。九月戊午，复新宁王遵为武陵王，立梁王