七年正月己未，振旅于京师，改授大将军、扬州牧，给班剑二十人，本官悉如故，固辞。凡南北征伐战亡者，并列上赙赠。尸丧未反，遣主帅迎接，致还本土。

二月，卢循至番禺，为孙季高所破，收余众南走。刘籓、孟怀玉斩徐道覆于始兴。
晋自中兴以来，治纲大弛，权门并兼，强弱相凌，百姓流离，不得保其产业。

桓玄颇欲厘改，竟不能行。公既作辅，大示轨则，豪强肃然，远近知禁。至是，会稽余姚虞亮复藏匿亡命千余人，公诛亮，免会稽内史司马休之。

天子又申前命，公固辞。于是改授太尉、中书监，乃受命。奉送黄钺，解冀州。
交州刺史杜慧度斩卢循，传首京师。先是，诸州郡所遣秀才、孝廉，多非其人，公表天子，申明旧制，依旧策试。

征西将军、荆州刺史道规疾患求归。八年四月，改授豫州刺史，以后将军、豫州刺史刘毅代之。毅与公俱举大义，兴复晋室，自谓京城、广陵，功业足以相抗。

虽权事推公，而心不服也。毅既有雄才大志，厚自矜许，朝士素望者多归之。与尚书仆射谢混、丹阳尹郗僧施并深相结。及西镇江陵，豫州旧府，多割以自随，请僧施为南蛮校尉。既知毅不能居下，终为异端，密图之。毅至西，称疾笃，表求从弟兗州刺史籓以为副贰，伪许焉。九月，籓入朝，公命收籓及谢混，并于狱赐死。自表讨毅，又假黄钺，率诸军西征。以前镇军将军司马休之为平西将军、荆州刺史，兗州刺史道怜镇丹徒，豫州刺史诸葛长民监太尉留府事，加太尉司马，丹阳尹刘穆之建威将军，配以实力。壬午，发自京师。遣参军王镇恶、龙骧将军蒯恩前袭江陵。

十月，镇恶克江陵，毅及党与皆伏诛。十一月己卯，公至江陵，下书曰：夫去弊拯民，必存简恕，舍网修纲，虽烦易理。江、荆凋残，刑政多阙；顷年事故，绥抚未周。遂令百姓疲匮，岁月滋甚，财伤役困，虑不幸生。凋残之余，而不减旧，刻剥征求，不循政道。宰莅之司，或非良干，未能菲躬俭，苟求盈给，积习生常，渐不知改。
近因戎役，来涉二州，践境亲民，愈见其瘼；思欲振其所急，恤其所苦。凡租税调役，悉宜以见户为正。州郡县屯田池塞，诸非军国所资，利人守宰者，今一切除之。州郡县吏，皆依尚书定制实户置。台调癸卯梓材，庚子皮毛，可悉停省，别量所出。巴陵均折度支，依旧兵运。原五岁刑已下，凡所质录贼家余口，亦悉原放。
以荆州十郡为湘州，公乃进督，以西阳太守硃龄石为益州刺史，率众伐蜀。进公太傅、扬州牧，加羽葆鼓吹，班剑二十人。

九年二月乙丑，公至自江陵。初，诸葛长民贪淫骄横，为士民所患苦。公以其同大义，优容之。刘毅既诛，长民谓所亲曰：“昔年醢彭越，今年诛  韩信  (《宋书》人物)，祸其至矣。”将谋作乱。公克期至京邑，而每淹留不进，公卿以下频日奉候于新亭，长民亦骤出。既而公轻舟密至，已还东府矣。长民到门，引前，却人闲语，凡平生于长民所不尽者，皆与及之；长民甚说。已密命左右壮士丁旿等自幔后出，于坐拉焉。

长民坠床，又于地殴之，死于床侧。舆尸付廷尉；并诛其弟黎民。