萧惠基，是南兰陵郡兰陵县人。祖父萧源之，在宋朝官至前将军。父亲萧思话，任征西将军、仪同三司。
萧惠基少年时曾因外戚关系去拜见过江夏王刘义恭，刘义恭称叹其一精一细审慎，便把女儿许配给他。开始做官任著作佐郎，征北行参军，尚书水部，左民郎。出京任湘东内史，奉车都尉，抚军车骑主簿。
泰始初，益州刺史萧惠开抗命欲反，明帝(刘..)派萧惠基奉旨出使蜀，宣旨慰劳。惠开妥协但益州土人又造反，领氐军包围州城。惠基向外宣布朝廷的赏罚条例，于是氐人邵虎、郝天赐等杀了主帅马兴怀投降。回京任太子中舍人。惠基西使的千余名部属，一起请求论功行赏，惠基毁掉了功勋簿，到底也没能行功赏。有人问他这样做的用意，惠基说：“我若这次赏赐他们，大家便会更热衷于打仗之类，这岂是我一向的主旨？”出外任武陵内史，中书黄门郎。萧惠基善写隶书及下棋，太祖和他性情相投，很早就开始器重他。桂之役，惠基的姐姐是刘休范的妃子，太祖对他说：“你家人又在桂作乱了。”太祖屯兵新亭，任命惠基为军副，惠基弟弟惠朗亲自率兵为休范攻战，惠基在城内神态坦然。后出任豫章太守。还都任吏部郎，调任长兼侍中。袁粲、刘秉起兵前夕，太祖知道刘秉是惠基的妹夫，当时惠基在侍中省当值，太祖派王敬则去察看他的动静，见惠基安静从容并没有和刘秉勾结，于是太祖对他更加信任。讨伐沈攸之时，任命惠基为辅国将军，屯兵新亭。事情平定后，免去其在军队的称号，领任长水校尉。因母亲去世辞官。
太祖即位，惠基任征虏将军，卫尉。就职不久，多次上表请求解职，被批准。服丧期满，任征虏将军、东太守，增加俸禄至二千石。他先后为政四郡，也没有什么积蓄。还京任都官尚书，又调任执掌南齐书吏部。永明三年(485)，因长期患病调任侍中，兼骁骑将军。尚书令王俭是当朝显贵，惠基和他同在礼阁，除了公事，没有和人来往。永明五年，调任太常，加任给事中。自宋朝大明时期以来，流行的音乐，多是靡靡之音，一H一俗不堪，高雅音乐很少有人喜欢。惠基妙解音律，尤其喜欢魏三祖曲及《相和歌》，每次演奏，惠基都非常欣赏，情不能已。当时下棋的人琅I王抗是第一流的，吴郡褚思庄、会稽夏赤松同为二流棋手。赤松思虑较快，善于大局的铺排；思庄思维较缓重，巧于断棋。文帝时，羊玄保为会稽太守，帝派思庄去与玄保下棋，制好棋局，回到宫中在文帝面前重新下过。太祖让思庄和王抗赌棋，从食时到日暮，一局才终，皇上疲倦了，让他们回去，到五更才决出胜负。王抗下完棋就睡了，思庄直到早晨都未眠。世人称：“思庄之所以品第这么高，是由于他用心深久，常人无法比得上。”王抗、思庄都官至给事中。永明中期，敕令王抗品棋，竟陵王萧子良派惠基掌管这事。
当初，思话首先在曲阿建了庄宅，有闲旷的情致。惠基常对亲信说：“等儿女们婚嫁大事一完，我就归隐老家去。”他立身谦退朴素，朝廷百官称他为善士。第二年去世，时五十九岁。追赠金紫光禄大夫。
本史作者认为：对上司长揖不拜，在朝廷令公卿折服，古人称此为遗直，看来这样追求也并不为过。不过如果是处身危地根基孤单的人，要坚持高洁的情操不作屈从，那就可能是虽然实现了自己的原则，但现实的地位也就永远丧失了。所以人们往往是通过各种渠道以求自保，低声下气地贬抑自己的气节。然而高流世业之人，是不指望走捷径的，扬鞭直驱，没有什么力量可以阻碍。王秀之世守家风，从不降节于权贵要人，真是美好啊！赞语：王秀之处身朝廷，清心正直。陆慧晓品性贞亮，堪称君子。萧惠基友爱平和，也是当代高士。