司马光 (《正说宋朝十八帝》人物)手迹神宗与 王安石 (《正说宋朝十八帝》人物)等人大张旗鼓地改变祖宗以来沿袭已久的各种制度，势必激起朝野内外的强烈反响。朝中以司马光为首的守旧派反对王安石进行的变法，每一项新法颁布之后，朝廷中都会出现近乎白热化的争论。
在现代许多人的心目中，司马光是个因循守旧、顽固不化的守旧分子，其实不然。面对严重的社会问题，司马光也主张改革现状，并提出自己一整套治国主张。司马光不止一次向神宗进言，要从用人、理财等方面缓解已经出现的各种弊端。但随着变法的深入，司马光与主持变法的王安石之间分歧越来越大。就其竭诚为国来说，二人是一致的，但在具体措施上，各有偏向与侧重。
正是因为如此，变法派与守旧派展开了激烈的斗争。不仅朝中的司马光、范镇、赵瞻纷纷上书陈述对新法的不同看法，就连在京外的 韩琦 (《正说宋朝十八帝》人物)、富弼等元老重臣也不断向神宗表达自己对王安石及其新法的不满。司马光与吕惠卿为了青苗法还在神宗面前争辩不已。神宗虽预料到实行变法会遇到阻力，但守旧派反对的声音一浪高过一浪，却是他始料未及的。与此同时，另一股势力也在影响着神宗，那就是来自后宫的巨大压力。
新法的实行，触及到了宗室、外戚的切身利益。例如，神宗和王安石变革宗室子弟的任官制度，使不少远房的金枝玉叶失去了得到官职的机会，因而招致他们的强烈不满。这些宗室子弟不仅向朝廷上书，甚至围攻王安石本人，拦住他的马，对他说：“我们和皇帝都是同一祖先，相公不要为难我们。”王安石严辞拒绝了他们的要求，人群才不得不散去。朝廷没收了向皇后父亲的部分财产，曹太后的弟弟也受到了违犯市易法的指控，他们自然十分仇视王安石。以两宫太后及皇后、亲王为首的宗室外戚抓住一切机会诋毁新法。一次，神宗同弟弟岐王赵颢、嘉王赵f一起玩击碌挠蜗罚双方以玉带为赌注，嘉王却说：“我若胜了，不求玉带，只求废除青苗、免役法。”曹太后是个认为“祖宗法度不宜轻改”的守旧派，在变法争论最为紧张激烈之时，两宫皇太后就常常在神宗面前哭泣，曹太后更是对神宗说：“王安石是在变乱天下呀！”神宗与祖母之间感情极好，见到祖母如此伤心难过，心里必是十分内疚，恰恰此时，岐王赵颢也从旁劝说神宗应该遵从太后的懿旨，新法是不会带来什么好处的。神宗心烦意乱，怒斥歧王道：“是我在败坏天下，那你来干好了！”这是将心中的怒气和痛苦发泄在了弟弟身上。岐王诚惶诚恐，失声痛哭。神宗面临朝廷和后宫的双重阻力，内心的烦躁、矛盾可想而知。
巧合的是，自从新法颁行之后，各地就不断有异常的自然现象出现，如京东、河北突然刮起大风，陕西华山崩裂，一时间人心惶惶。那些别有用心之人利用这些抨击变法，说这些是上天对人间的警告。熙宁七年（1074），北方大旱，民不聊生。神宗为此忧心忡忡，他也开始相信这是上天的某种预警，并对自己继位以来所实行的一系列新法进行反思。正在此时，一个叫郑侠的官员向神宗上了一幅流民图，图中所描绘的景象使神宗大受震动，无数的百姓流离失所，卖儿鬻（yù）女，惨不忍睹。神宗本想通过变法，使百姓安居乐业，他万万没想到竟然会是这样的结局。第二天，神宗就下令暂罢青苗、免役、方田、保甲等18项法令。尽管这些法令不久在吕惠卿、邓绾等人的要求下王安石手迹恢复，但是，神宗与王安石之间开始出现裂痕，互相的信任也受到严峻的考验。这对变法派而言，无疑是不祥的讯息。
反对势力当然不会放弃这样的机会，他们继续大肆抨击王安石及其新法。在这种巨大压力下，王安石向神宗提出了辞呈。神宗最初没有同意，但在王安石的坚持下，最终同意并要王安石推荐官员代替自己的职务，这表明神宗并未完全放弃富国强兵的理想，而是要继续推行变法。王安石安排韩绛和吕惠卿主持朝廷事务。熙宁七年四月，王安石第一次罢相，出知江宁府。
王安石离京之后，变法运动由韩绛、吕惠卿等人负责。此时，变法派的中坚力量为了各自的利益走上了不同的道路。吕惠卿是个极有野心的人，王安石离开后，他提拔亲族吕升卿、吕和卿等人，扶植自己的势力。同时打击变法派内部的其他成员，妄图取代王安石的地位。他打着变法的招牌，肆意妄为，引起朝中大臣的不满。韩绛等人强烈请求王安石返京复职。神宗也认为，只有王安石，才能挽回局面。熙宁八年二月，召王安石回京复职。
王安石虽然回京了，但吕惠卿没有放弃自己的野心。他再也不是当年那个积极帮助王安石变法的得力助手。吕惠卿不仅不协助王安石推行新法，反而处处防碍，公然挑拨神宗与王安石的关系。神宗发觉了吕惠卿的阴谋，将他贬出京城，但变法派阵营已经分裂。神宗此时将近而立之年，近10年的经历使得这位少年天子日趋成熟，对于变法有了自己更深的理解和打算，不再事事依靠王安石。君臣之间的分歧越来越大，因而改革之路越走越艰难。
熙宁九年六月，王安石的爱子王（pān溃┎∈牛这对王安石的打击极大。王安石坚决求退，神宗于十月第二次罢免了王安石的相位。王安石带着壮志未酬的遗憾和满腹的伤悲离开了京城，结束了自己的政治生涯，退居金陵，潜心学问，不问世事。
王安石离开了，但神宗并未放弃改革的既定路线。王安石第二次罢相后的第二年，神宗改年号为“元丰”，从幕后走到前台，亲自主持变法。然而，变法依旧伴随着反对的声音，神宗亲自主持的新法同样遇到朝中群臣的异议。失去了王安石，神宗本就很伤心，现在又要独自面临巨大的压力，不免有些恼火。他决定实行更为强硬的手段来推行新法，严惩反对变法的官员。 苏轼 (《正说宋朝十八帝》人物)不幸成为这次政治斗争的牺牲品。
苏轼是北宋文坛成就卓越的大家，与父亲 苏洵 (《正说宋朝十八帝》人物) (《正说宋朝十八帝》人物)、弟弟 苏辙 (《正说宋朝十八帝》人物) (《正说宋朝十八帝》人物)号称“三苏”，其文章为天下所传颂。但这位名满全国的才子在仕途上颇不得志，在他将近40年的官宦生涯中，有三分之一的时间是在贬谪中度过的。元丰二年（1079），也许是苏轼一生中最黑暗的岁月。四月，苏轼调任湖州，他按照惯例向宋神宗上表致谢，谢表中有“知其生不逢时，难以追陪新进；查其老不生事，或可牧养小民”一句，多少带点发牢骚的意味。主张变法的一些人抓住这个机会，指责苏轼以“谢表”为名，行讥讽朝廷之实，妄自尊大，发泄对新法的不满，请求对他加以严办。御史李定、何正臣、舒??等人，更从苏轼的其他诗文中找出个别句子，断章取义，罗织罪名。如“东海若知明主意，应教斥卤变桑田”，说苏轼是指责兴修水利的措施；苏轼歌咏桧树的两句“根到九泉无曲处，世间惟有蜇龙知”，被人指称为影射皇帝：“皇上如飞龙在天，苏轼却要向九泉之下寻蜇龙，不臣之心，莫过于此！”朝廷便将苏轼免职逮捕下狱，押送京城，交御史台审讯。与苏轼关系密切的亲友，如苏辙、司马光、张方平，甚至已经去世的 欧阳修 (《正说宋朝十八帝》人物)、文同等20多人受到牵连，这就是历史上著名的“乌台诗案”。“乌台”是御史台的别称，据《汉书。朱博传》记载，御史府（台）中有许多柏树，常有数千只乌鸦栖息在树上，晨去暮来，号为“朝夕乌”。因此，后人将御史台称为“乌台”。
苏轼下狱后，其长子苏迈一直照顾他。在等待最后判决的时候，苏迈每天去监狱给他送饭。由于父子不能见面，暗中约好，平时只送蔬菜和肉食，如果有死刑判决的坏消息，就改送鱼，以便早做心理准备。有一天苏迈有事，不能去给父亲送饭，就托一个朋友代劳，但苏迈忘记告诉朋友这个约定，偏巧朋友给苏轼送去了一条鱼。苏轼一见大惊，以为自己难逃一死，便写了两首绝命诗给弟弟苏辙：
圣主如天万物春，小臣愚暗自忘身。
百年未满先偿债，十口无归更累人。
是处青山可埋骨，他年夜雨独伤神。
与君世世为兄弟，更结来生未了因。
柏台霜气夜凄凄，风动琅月向低。
梦绕云山心似鹿，魂飞汤火命如鸡。
眼中犀角真君子，身后牛衣愧老妻。
百岁神游定何处，桐乡知葬浙江西。
苏辙看到哥哥的两首绝命诗，痛哭流涕，悲伤不已。他立刻上书神宗，希望能以自己的官爵赎去其兄之罪。神宗欣赏苏轼的才华，并没有将其处死的意思，只是想借此警告那些反对变法的官员，颇有杀鸡给猴看的政治意味。神宗读了这两首绝命诗，感动之余，也不禁为苏轼苏轼《赤壁赋》的才华折服。加上朝廷中有多人为苏轼求情，赋闲在家的王安石也劝神宗，圣朝不宜诛杀名士，就连重病在床的太皇太后为此事也责备神宗，神宗遂下令对苏轼从轻发落，贬其为黄州团练副使。经过100多天的牢狱生活，苏轼离开京城，前往黄州。巨大的挫折并没有改变苏轼豪爽的性格，饱经忧患的人生体验反而激发了他创作的热情，在黄州的日子，苏轼写下了“大江东去，浪淘尽，千古风流人物”等脍炙人口的诗词。
乌台诗案发生的前后，神宗没有停止改革的进程，亲自对熙宁年间的变法措施加以调整，继续推行，并着手对官制进行了一次大的改革，使变法运动进入一个新的阶段。变法是一条异常艰辛的道路，其间神宗虽然有过怀疑和动摇，但最终还是坚持下来。忧国忧民的神宗把自己所有的精力和热情都投入到这场大变法之中，为实现富国强兵的目标而努力着。