在清帝国军队能够开进新疆以前，他们必须先打败陕西和甘肃的回民。1867年当阿古柏伯克在新疆建立他的汗国的时候，左宗棠还在征募新湘军（楚军），在为打败中国本部的东干人而筹措军费和安排交通运输事项。陕甘之役花了他差不多七年时间（1867—1873年），而他的部队参加新疆的实际战斗只不过用了两年时间（1876—1877年）——不算漫长的准备时间在内。左宗棠在1867年7月到达陕西以后，他又不得不为了捻军之战而离开陕西十个月。在此期间，左宗棠的助手刘典作为钦命陕甘军务大臣，已清除了从甘肃折返的陕西南部回民叛乱分子。陕西回民现在在董志原筑垒自固，此地是甘肃东南部的一片肥沃平原，他们的“十八大营”从这里继续派人马四出侵扰。与此同时，在它的北边一些地方，新教领袖马化龙自从1866年投降清朝以来，已把金积堡建设成为经济和军事基地。马化龙的徒众包括长期在甘肃和内蒙包头之间做买卖的回民商人，他们做买卖时使用商队驿道以及向东航行到河套的皮筏。马化龙本人拥有两家字号，而且在他的许多徒众的企业中有投资。他所处的地理位置使他能够控制蒙古和甘肃南部之间的整个贸易。可是，他的兴趣是在宗教和军事方面。他甚至从归化城（今呼和浩特）购买军火，并且把它们送到甘肃的其他一些新教中心去。马化龙也同董志原的陕西回民做生意，他卖出马匹和军火，购进粮食。当左宗棠1868年11月返回陕西任所时，他相信马化龙不仅与新疆有联系，而且对“大漠南北”的蒙古也有打算。左宗棠在甘肃的进攻准备已接近于完成。他的一些老军官已经从湖南给他征募了一支新部队，总数约五万五千人。此外，曾国藩已在1867年把他唯一的一支尚未解散的湘军队伍约一万人调来陕西，由他最优秀的将领之一刘松山率领。清帝还调拨了另外一些军队供左宗棠指挥：即黄鼎统率的川军一万人，郭宝昌统率的皖军七千人，张曜统率的豫军六千五百人。这些军队都有对太平军和捻军的实战经验，其中有七千五百名骑兵，他们加强了左宗棠自己搞到的五千匹马。可是除了聘用吉林省的满洲军官来训练他的骑兵以外，左宗棠似乎很少注意操练他的部队。他很欣赏刘松山的部队擅长队形操练和一精一于射击。但左宗棠根据自己在太平军叛乱时期的经验，深信取胜的两个要素是士兵的勇敢和充足的给养。他只是在叛乱的后期在他的军队中一度试行过西洋操法，但他觉得喊口令不能用于士兵的大队形。左宗棠虽然用西洋火器装备了他的军队，不知何故他却认为，练习打靶十天，一天两次，就完全可以送部队去打仗了。幸运的是，在他即将在甘肃展开的攻势中，他所进行的战争也恰恰是这样一种情况：即虽然地形比较险要，但主要仍是进攻栅寨和城池——这与对太平军的作战毫无二致。可是，左宗棠很珍视攻城大炮，他有几位老军官曾学过如何使用它们。左宗棠也得到了要解决他的财政和后勤问题的保证。在饱受战祸的陕西和甘肃两省，食品匮乏，物价腾贵。左宗棠定下了一条规矩：必须有三个月的粮饷在手，他的部队才能打大仗。不仅军火，甚至大量粮食也得从其他省份运入陕西和甘肃。左宗棠为了筹措给养，明确地要求北京同意从古以来历代王朝所通用的一个惯例：即以东南之资源，供西北之军需。1867年，清帝要求东南沿海五省对“西征饷项”每年助银三百二十四万两。这款项在清代财政上称为“协饷”，但只实行于这些省份已经征足北京或其他省份需要的各种捐助饷额之后。左宗棠早在1867年就谋划促使各省提出满足其军事需要的定额。他要求清帝并得到清帝批准从外国商号得到一次总付的贷款安排；这笔贷款由通商口岸各税务司担保，并经各省巡抚加盖印信批准，限期由各省还款给外商。1867年5月，左宗棠驻上海的代理人胡光墉（约1825—1885年）就以这种方式获得了一百二十万两的洋商贷款。但是，在同年12月当左宗棠要求在同样安排下再次借贷外债二百万两时，清廷反对胡光墉所开出的高利息，而只批准了此借款的半数。四个口岸的税务司奉命借给左宗棠要求的余下的一百万两，不付利息。因此，左宗棠暂时不得再向外商谋取另外的借款了。但是为了应付他的需要，清廷立即筹措了每年总数达六百二十四万两的“西征饷项”，增摊了原来五省承担的定额，还要求另外两省也予以捐助。其中大多数省份并未迅速解足它们的饷额。但是，左宗棠确从这些省份平均每年收到了四百万两（从左宗棠最初于1866年9月被任命来陕甘就职起到1874年2月止）。1867年，甚至在他抵达陕西以前，左宗棠就已在上海和汉口设立了两个局，承办军需。在西安他建立了一个衙署向各战区分配给养，设立了另一个衙署以保持与其他省份的通讯联系。在上海弄到的军火用外国人的汽轮运往汉口，再用帆船把它们和其他给养溯汉水运往陕西边境，然后经陆路运往西安。在四川购买的大米则用木船沿嘉陵江而上送往陕西的兵站。供应给陕北山区部队的粮食则来自山西或内蒙古的归化。给陕北和宁夏的军火是经由天津首先运到归化的。左宗棠不想使他的运输系统成为沿路地方当局的负担。他的代理人和护航队押送着每一起货运，而每一个搬运工或车夫都应该是车资照付的。一旦进入陕西境内，县长们就准备足够的夫役车辆逐县拨运。县长所付的这些费用将予以清偿。这一整套供应系统充分显示了左宗棠的组织才能，而它也一定运转得相当不错，因为甘肃的战事确确实实进行下去了。左宗棠早些时候曾宣布他对回民战争的一条原则。他将乐于接受一个叛乱首领的投诚，只要他是真正的投诚，即投诚者应交出武器、马匹和粮食，另外，还要接受左宗棠关于重新安置他本人及其追随者的计划。左宗棠把朝廷三令五申的旨意广为晓喻，即只问其为良或逆，不问其为汉与回。但左宗棠还有一条原则：决不姑宽新教的任何积极的追随者，因为他把新教比做企图搞颠覆的白莲教异端。在种族战争、官军的暴行和饥馑后的疾疫流行使得汉人与回民大批被仇杀的省份里，左宗棠对东干人的战争是一场在儒将和瓣-军阀之间所进行的严酷的意志较量。左宗棠不久就发现，他的勇营并非总是忠诚可靠的。他几乎没能保持他们的士气。士气之提高仅仅是由于：左宗棠提供了充足的给养；允许掳掠被攻破的富庶的回民据点；此外，整个军队还意识到，左宗棠的一精一锐勇营所用的欧洲来复和攻城大炮最终会有杀敌致果之效。从陕西往西开拔时，左宗棠有两大目标，即金积堡附近的马化龙据点以及位于甘肃东南董志原的陕西回民的农村基地。要在后一个地方取得胜利是比较容易的，因为陕西回民的十八大营既无统一领导中心，又无可资防守的据点；在他们的四千五百平方英里的富饶土地附近的少数大城市又已被甘肃回民盘踞，而且甘回并不总是援助他们的陕回教胞的。1869年2月中旬到4月初，左宗棠的部队横扫了董志原，据说斩杀两万余人。大股大股的陕回现在四散逃遁。有几位首领暂时往北占领了靠近金积堡的一些市镇。马化龙收编了其中的几个人及其部队。他给其余一些人赠送了骆驼，劝说他们另投他处。陕西的一股回民越过黄河，进入宁夏。他们到达了阿拉善旗蒙古王公领地，洗劫了他的村庄和祖茔，使得北京匆匆忙忙从内蒙其他地点调兵来此。可是，大部分陕西首领则带着各自的人马滞留甘肃，主要聚集在兰州东北和西南诸市镇，或者聚集在这些市镇的附近。虽然攻占董志原比较容易，但是，征服甘肃回民自己的据点则困难得多。左宗棠在攻打甘肃地区四个主要叛乱中心（金积堡、河州、西宁及肃州）所遇到的复杂问题，从金积堡战役的历史中即可看出；它的作战计划是1868年后期制订的。三支主力部队计划联合进攻。自直隶捻军之战前线返回甘肃的刘松山预定从河南横穿陕北，从东面进一逼一金积堡；在山西保卫包头地区的张曜的豫军应穿越内蒙，沿黄河西岸南下；左宗棠的其他部队预计占领甘肃的平凉和固原，从南直趋金积堡。但是，只是在左宗棠自己的部队经历了危机和挫折之后，这一作战方案才最后得以贯彻。最严重的危机是内部危机，因为从1869年3月到4月，即正当董志原之战取得胜利的时候，左宗棠所部的最一精一锐部队中发生了两次惊人的哗变。3月后期当刘松山已横穿陕北而抵达甘肃宁夏边境时，绥德（在延安东北约七十五英里）发生了一次兵变，刘松山原在这里留下了四千五百名士兵守卫着供应站。包括后来承认是哥老会会员在内的几百名士兵抢劫了粮站，并占据了绥德城。叛兵中有多达四名哨官在内，据说也都是哥老会会员。刘松山本人于4月初赶回绥德后，兵变迅即被平定，但显然与绥德兵变并无牵连的另一次兵变同时又在陕西中部、西安以北八十英里的宜君爆发，杀死了一位统领。这一次的几百名叛兵中也有哥老会的会员。参加者中的四名哨官和一名营官据说也是哥老会的成员。可是，叛兵被忠于左宗棠的部队抓起来了。左宗棠亲自处死了五名为首分子。他认为哥老会起源于四川和贵州，是通过投诚的太平军（他们都是川、贵两省的土著），或者通过其他省份的“散勇”（他们来到陕西是为了搞投机冒险活动）而使湘军受到影响的。他希望这些枭蝮鬼蜮之辈在他的部队中只是极少数。可是，哥老会作为进行合法和非法活动的地下互助组织，却长期存留在左宗棠的部队之中。进攻金积堡之役被兵变及其善后问题所中断，直到8月中旬才恢复。从陕北进军的刘松山在9月初抵达灵州附近。经与左宗棠的兵力进行对比，马化龙对自己的力量可能不抱幻想了。他投书给左宗棠想谈判和平，但他的倡议被严予拒绝。在11月，灵州被刘松山攻克；左宗棠部署在南边的部队已攻下了固原等城市，继续向北挺进。可是，抵抗也越来越厉害，因为有越来越多的马化龙的甘肃新教徒——包括一度占有董志原的陕西回民在内——参加了战争。左宗棠不久就要面临一位景慕他的传记作者所称述的“他整个事业中最大的一场灾难”了。刘松山在从灵州南下途中必须打通数以百计的设防村寨——这些村寨都三面环山，西濒黄河。拥有火器的村寨防守者们又都是马化龙最坚定的信徒。刘松山不得不缓缓前进，但他在1870年2月14日死于炮火之中。虽然他的能干的侄儿和前参谋军官刘锦棠（1844—1894年）设法保住了他的部队而未使之四散，但部队的前进停顿了下来。刚巧就在这个时刻，马化龙发动的一次战线辽阔的攻势产生了引人注目的效果。马化龙使用了他曾经窝藏或帮助过的陕回，已于1月初在陕西的几个部分发动了骑兵突袭。在刘松山战死之前几天，陕西的东干人陈霖切断了刘松山在陕北的供应线。另一陕回马正纲现在也率领他的骑兵驰抵渭河流域。2月15日他通过西安以东，渡过渭河，回到了东干人八年前发动叛乱的老地方。在甘肃，在金积堡南边，已进抵距金积堡不足五十英里之处的左宗棠部队，也在刘松山战殁之前两天吃了败仗。败仗又变成了溃退，清军不得不撤退到固原。这一连串挫折使得北京感到愕然，所以在3月降旨命李鸿章从湖北率领其有名的一精一兵赴陕，接管该省的战争事宜。可是，左宗棠的军事态势还可以侥幸地立于不败之地。因为尽管事实上他需要远离供应地作战，尽管他的军事体系有许多弱点，但幸亏有他的运筹帷幄和北京的支持，使他在甘肃所得到的资源足与马化龙的资源相匹敌。突破左宗棠警戒线而返回陕西的东干人总数似不足四千人，他们被左宗棠派回陕西的骑兵及该省的其他部队所遏阻。刘松山的死是一大打击，但只要将帅之间和官兵之间的融洽关系还未受到损害，勇营体系——尽管它有不公正和贪一污受贿现象——的团结还仍然保持着。幸运的是，刘锦棠得心应手地接了他叔父的班。左宗棠马上任命刘锦棠为“老湘军”的统领，而且在1870年3月得到恩准，这又增加了这位年轻将官的声望。他的陕北供应线仍被切断而不通。但军粮问题因有了用木筏沿黄河而下运到吴忠堡的粮食而得到了解决；这条路是由张曜打通的。早在3月10日，刘锦棠就再次迫近了金积堡。与此同时，甘肃东南的左宗棠部队在有骑兵作战经验的川军将领徐占彪的率领下，甚至在李鸿章于6月份到达陕西以前（他于下月有新任务去直隶省），就已返回到金积堡周围。到了9月份，已有几支清军包围了马化龙的据点，与刘锦棠建立了直接的联系；刘锦棠此后取得保证，可以从左宗棠在甘肃的总部获得粮食和军火。旷日持久的消耗战终于弄得马化龙的基地粮秣告尽。到1870年9月，在金积堡周围五百来个碉堡中被刘锦棠荡平到只剩下一、二十个了。克虏伯的攻城炮从上海运到甘肃给刘锦棠，还送来一个给曾国藩当过炮手的军官。炮弹没有能够炸开金积堡的厚厚的城墙（据说有三十五英尺厚），但刘锦棠在10月份建造了一座高高的大炮阵地，居高临下，飞过城墙直接打入城内。金积堡的居民死亡相继，只靠草根和死人的尸骸充饥。马化龙终于在1月份向刘锦棠缴械投诚；他交出的武器包括46门大炮、293门土炮、l，030支猎，以及180支洋。左宗棠暂缓处决马化龙，命令他劝说其他地方的甘肃回民也投降。可是，没有一个重要的首领出来降顺；当严密隐藏在金积堡的一千二百多支洋被清军查出来后，左宗棠下令处决了马化龙及其成年男性亲属。马化龙的大约八百名参谋和军官及一千名士兵被屠杀。幸存下来总数达一万四千名的壮健居民（包括多达一万一千名的陕西回民）被迁往平凉附近。那些衣食无着的二万名妇孺老人则被送往甘肃南部的难民营。清兵获准尽量搜括财物。1869年已投降刘松山的那些汉族血统的陕北劫掠者，则被鼓励携带家口迁居金积堡，使它变成一个汉民城市。马化龙死后，左宗棠相信，再也没有其他东干人领袖能够把出身各异的回民叛乱者纠集起来组成一个大运动了。可是，在甘肃省的几个地方和毗邻的青海省还存在着一些强大的叛乱中心。正在这时，北京又因内外蒙古传来的消息而深为困扰。7月份，几百名来自甘肃的回民骑兵侵袭了多伦附近的内蒙古。与此同时，一支更大的回民部队（他们发端于甘肃走廊，在前一年曾抢掠和焚烧乌里雅苏台）穿过沙漠，于10月初来到了距库伦仅几天路程的部落领地上。蒙古族军队和满洲军队穿越草原来保卫多伦和库伦。甚至直隶省的绿营练军也奉旨被调到库伦。这两股回民队伍似是在1871年11月——即在俄国占领伊犁后四个月——被击溃的。左宗棠认为，他的首要任务是清除甘肃余下的叛乱中心。他利用对马化龙取得的胜利，散发通告禁止新教，但允许宽赦被新教煽动而误入歧途的人，可是他又暗示，赦罪范围不包括哈里发和毛拉们。清帝批准的这一为甘肃省辖区所奉行的政策，在1871年9月开始的河州之役颇具实效。清军缓缓推进，于11月进到距河州三十英里的范围内，但在1872年2月被控制着该城的一位旧教回民叛乱头目马占鳌所逐回。左宗棠的部队在一条宽阔河流的岸上的一个设防市镇遭到惨败，虽则他已经使用了新式来复。可是，马占鳌即使有此胜利，他仍然决定谈判和平，以便尽可能利用眼看最后会是没有希望的形势。他告诉他的徒众，在备受战祸蹂躏的甘肃，如果战争继续下去，“不惟汉族仇怨日深，回族亦无立足之地”。因此，胜利后的投降要比失败后的投降好一些。他准备向左宗棠移交四千匹马和“一万多件火器和刀矛”，但取得了左宗棠提出这样的保证：河州的回民是多数民族，应继续在那里居住，汉民则要一次迁出。到了6月份，河州的汉民和大约二千名陕回，已被安置到了别处。马占鳌及其他从前的叛乱领袖们最后被吸收进了一个绿营军官所统率的地方戍军中去，左宗棠的部队则在附近各城市监视着他们。1872年8月，左宗棠移节于兰州的总督官署内。鉴于俄国侵占伊犁，他已于1871年12月派一支部队去肃州，此地是离甘肃通往新疆的咽喉部位不远的战略要冲城市。在徐占彪的率领下，这支六千五百人的部队（包括骑兵在内）到了1872年夏季已能在叛兵占据的肃州附近建立巩固的据点。但左宗棠首先集中注意的是兰州西北一百二十英里的西宁，这特别是因为它在1872年被陕回首领所控制，其中包括白彦虎在内；白彦虎曾经是马化龙的党羽，现在拥有一万余名久经战斗的回民战士。刘锦棠于8月承担了攻击西宁的任务。刘锦棠花了三个月时间才得以突入西宁险要而又防守严密的地带，但最后他终于取得优势。他歼灭了一万名回民党徒，但白彦虎却漏网而逃。捍卫新教的西宁“回民绅士领袖”马桂源在青海撒拉族的领地上被清军追捕到手。左宗棠在这整个时期实际上一直在准备对肃州进行决定性的攻击；许多东干族首领云集在肃州，集合在新教统领马文禄（本来出身于西宁）的麾下。为了增援徐占彪的部队，左宗棠在1872年12月从他自己的湘军中派去三千人；在左宗棠的请求下宋庆和张曜两支豫军也奉旨前来会战。新近被任命为乌里雅苏台将军的金顺也参加了战斗。左宗棠忙于安排财政和给养，包括在兰州建立一座不大的兵工厂，并命一位有些军械知识的干练的陆军军官、广东人赖长开始为德国攻城炮加造炮弹。左宗棠虽因组织战争，军书旁午，不得分心，但良心和政策仍促使他要为“回民良民”的生活作出安排，以达到消除种族冲突的根源的目的。这时只有两万陕回难民留在甘肃。他们不能回家，因为即令是这一小批人也不受陕西的欢迎。左宗棠保证将平凉及其南方两个城市附近的农村地区的土地拨给他们，并与汉人社会隔绝开来。必须从某些城市赶出的甘肃回民则被迁往兰州附近同样指定的地区。以下规定必须被严格执行：居民用保甲制度组织起来，十户的头头由官方选派；准许贸易，但任何人想要进城都必须持有县长的许可证，凡是想去外省的人则必须向道台申请护照；不许举行新教仪式。这些被隔离的移民都分得可以灌溉的土地，每一家地亩的多少依它人口的数量而定。供给农具和种子。凡不能工作或找到家庭的难民，可继续接受救济。同时由于宋庆的三千步兵和五百马兵在1873年年中到达，肃州的包围得以完成。在六位统领统带下的整个清军迅即数逾一万五千名。9月中旬，左宗棠本人亲临前线，随身带了兵工厂经理——也是大炮专家——赖长。克虏伯大炮现在轰击着厚厚的城墙，炮火还得到埋在城墙下爆炸的地雷的助威。10月24日清兵入城，马文禄投降。左宗棠上奏说，五千四百名土著回民和一千五百七十三名从外地到肃州来的回民于11月12日被处决。他向他的西安总部的军需提出了他的计划：肃州回民中的老人、青年和妇女将和甘肃走廊其他两个主要城市幸存下来的回民一起，在甘肃南部得到安置。“自此，关内甘凉肃三郡可无遗种，而关内外可免勾结之患。”左宗棠又写道：“数十年征伐之事以此役（攻克肃州）为最妥善；次日各军因争贼赃，乱我章法。”